или через битриксовский бекап и восстановление
или выгружаете базу, копируете все файлы на новый сервер, загружаете базу, не помню точно в каком файле меняете настройки подключения к базе, все.
вы скорее всего установили рядом, а не поверх, загрузитесь в винду - правой кнопкой на пуске - система - доп параметры - загрузка и поставьте дефолт на вашу убунту
