Как вариант, код который нужно защитить, например, какие-либо алгоритмы, можно вынести в динамическое расширение PHP, соответственно переписав этот код на C.
Это конечно потребует больше усилий и времени, но это намного надежнее чем использовать zend guard, ioncube или обфускаторы