Выделяется REST API веб-сервис, который обслуживает и мобильное приложение,
и основной сайт.
Заводите путь (area), например,
example.com/api/..., для веб-сервиса.
Основной сайт может жить на
example.com/.... При этом сайт возвращает только шаблоны страниц. Наполнение данными происходит отдельным запросом к REST API - сервису, например с помощью AXAJ-запросов.
Сайт получается легковесным и отвечающим только за дизайн.
За модель (данные, сервисы) отвечает веб-сервис.
В будущем, при высоких нагрузках, эти роли можно разнести на разные серверы.
Ссылка по теме:
про AngularJS на платформе ASP.NET MVC. Там как раз описывается, как сделать веб-сервис и сайт в одном ASP.NET MVC приложении.
