jQuery я всё же смог подключить,
уже так всё смешалось что уже точно и не помню, но вроде
сначала установил
npm install jquery --save-dev

потом в главном файле - точке входа:
import $ from 'jquery';

и затем в webpack.config.js

$: 'jquery',
    '$': 'jquery',
    jquery: 'jquery',
    jQuery: 'jquery',
    'window.jquery': 'jquery',
    'window.jQuery': 'jquery',

Но как подключить плагины для jQuery ну никак не пойму ! уже неделю бьюсь!
Есть такой плагин

(function($) {
    "use strict"; // Start of use strict

    // jQuery for page scrolling feature - requires jQuery Easing plugin
    $('a.page-scroll').bind('click', function(event) {
        var $anchor = $(this);
        $('html, body').stop().animate({
            scrollTop: ($($anchor.attr('href')).offset().top - 50)
        }, 1250, 'easeInOutExpo');
        event.preventDefault();
    });

    // Offset for Main Navigation
    $('#mainNav').affix({
        offset: {
            top: 100
        }
    })

})(jQuery);