Сам задал вопрос и сам на него отвечу. Возможно кому-то будет полезно - удалять не буду.
Итак, я решил задачу несколько не стандартным способом - добавил в li елемент дополнительный класс "count-" + подключил к нему вывод количества записей тега. Итого пустые теги получили классы "count-0".
foreach ( $terms as $term ) {
$output .= '<li class="vc_grid-filter-item alph-term-' . esc_attr( $term->slug ) . ' count-' . $term->count .' "><span' . ' data-vc-grid-filter-value=".vc_grid-term-' . esc_attr( $term->term_id ) . '">';
$output .= esc_attr( $term->name );
$output .= '</span></li>';
}