Нет возможности проверить, но примерно можно написать следующий запрос:
UPDATE Table
SET
fio = SUBSTRING(fio, 1, LEN(fio) - 2) + '.' + SUBSTRING(fio, LEN(fio), 1) + '.'
WHERE SUBSTRING(fio, LEN(fio) - 3, 1) = ' ' and SUBSTRING(fio, LEN(fio) - 1, 1) = ' '
Смысл в том, что вы отбираете строки у которых последние 4 символа: пробел + буква + пробел + буква. И вы для таких строк формируете строку с точками.