Рональд Макдональд

К сожалению, абсолютно никак.

Могла.
Но не файловую систему, а пометку на томе.
Загрузитесь с LiveCD Linux и с помощью fdisk поменяйте тип раздела на APFS.
Это легко гуглится.

ext2.
Можно vfat.

Так понимаю, из-за любви прог к реестру, ssd и hdd с прогами нельзя не форматировать

Странная логика. Зачем форматировать-то?

А вот HDD с файлами если не форматировать, на скорости как-нибудь скажется?

Нет, не скажется. Проводите Оптимизацию дисков встроенной программой и не переживайте.

Ну так примонтировать его.
Покажите в консольке вывод команды fdisk -l

Какая файловая система и размер кластера будут оптимальны?

exFAT, которая для флешек и создавалась. Размер кластера там минимум 4 Кб.

Повлияет ли изменение на скорость записи, чтения?

NTFS будет медленнее.

Повлияет ли на срок жизни флешки?

NTFS требует больше операций чтения-записи, тут exFAT тоже оптимальнее.

Есть ли способ протестить новую флешку на срок жизни?

Можете перегнать туда-сюда какие-нибудь данные разок.

LVM сильных просадок не даёт, ставьте и не переживайте.