Во-первых, они ведут себя именно как вирусы, модифицируя содержимое исполняемого файла.
Во-вторых, в очень многих кряках действительно вшиты вирусы, не обязательно разработчиками, часто их добавляют релизёры или раздающие.
В-третьих, многие из кряков (например, KMS-активаторы), создают на ПК резидентную службу, регулярные задания, занимают порт, то есть ведут себя, как типичный бэкдор.
Ну, и в-четвёртых, как утверждают люди с шапочками из фольги, "эта всё сговор транснациональных карпараций и праизвадиилей антивируснава ПэО штоби люди покупале праграмы". Рассматривать эту теорию мы, конечно, не будем.