Рональд Макдональд

Кидайте в Cron:

* * * * * ( sleep 30 ; /path/to/executableскрипт параметры)

Это один из вариантов.

допустим делаю каталог для всех сайтов /var/web/site1 ../site2 ../site3 и тд ... раздаю пользователей фтп всем сайтам, и права 777 распространяющиеся на их папки

Ну, например, покурить мануалы и сделать нормально, а не как сейчас. Выделить каждому пользователю доступ только к их каталогу, например.

Ну и снять со всех файлов флаг "исполняемый".

Манов полон Гугл:
разложено всё по полочкам, но длинно: blog.sedicomm.com/2018/11/05/ustanovka-nastrojka-i...

коротко и ясно: https://moonback.ru/page/vsftp-debian-9

Первое - tar+cron, инструкций полон инет.
Второе - Veeam Backup.

система (debian). Нужно понять в чем причина.

Скорее всего, как раз в

система (debian)

Тут неплохой список загрузочных дисков с диагностичскими утилитами: ruterk.com/vse-obrazy-avarijno-zagruzochnyx-cd-dvd-usb-diskov

Но я всё-таки вангую, что проблема в Дебиане.

sudo swapoff /раздел
Это отключит swap (желательно делать после перезагрузки, когда программы не запущены).
Затем запускаете GParted или Gnome Disks, удаляете swap-раздел и создаёте новый. Там всё просто, но если будут вопросы - пишите. Это можно сделать на живой системе.

Если хотите, можете расширить соседний раздел на освободившееся пространство. Некоторые файловые системы позволяют делать это на рабочей системе.

А вы перезагружались после установки нового ядра?

Squid умеет, можно ещё pfsence поковырять, он тоже могёт.