В один прекрасный момент, все приходят к одному - что все эти панели чепуха и без них жить значительно проще и легче. Особенно, после того, как растут ваши компетенции, смотрите на конфиги которые создаёт панель и волосы дыбом, после взломов панелей, а это обычно прямой доступ к серверу и прочие приключения. Не говоря уже про лишнее потребление ресурсов сервера. На крайний случай, лучше уж свою накидать какую-то минимальную панель для определённых конкретных задач.
В большинстве случаев, сервер настраивается один раз - дальше всё работает, если что-то нужно обновлять, это можно реализовать скриптами, заодно будет автоматизация. Можно иметь под рукой свои типовые конфиги для различных вещей, вплоть до своего скрипта конфигурации сервера с 0.