На сколько мне известно mongoengine плох для работы с асинхронными фреймворками, так как обращения через него являются блокирующими. Лучше воспользоваться мотором

Чем собирал?
Pyinstaller- самый удобный в плане сборки и неплохо справляется сам по определению зависимых библиотек и файлов. Для того чтобы все собрать в один .exe нужно передать флаг -F или --onefile (в мануале все есть). Если не получится, то можно передать пути к папкам используя флаг. Также есть возможность вручную подкорректировать .spec файл и там сделать инклуды как при использовании cx_freezee например.

data = (('aaa', 'bbb', 'ccc',), ('ddd', 'fff', 'eee'), ('ggg', 'hhh', 'mmm'))

def find_index(embedded_elem, data_set):
    for elem in data_set:
        if embedded_elem in elem:
            print(data.index(elem))  # индекс внешнего элемента
            print(elem.index(embedded_elem))  # индекс внутреннего

>>>find_index('hhh', data)
>>>
2
1
>>> find_index('ddd', data)
>>>
1
0