Чем собирал?
Pyinstaller- самый удобный в плане сборки и неплохо справляется сам по определению зависимых библиотек и файлов. Для того чтобы все собрать в один .exe нужно передать флаг -F или --onefile (в мануале все есть). Если не получится, то можно передать пути к папкам используя
флаг. Также есть возможность вручную подкорректировать .spec файл и там сделать инклуды как при использовании cx_freezee например.