Дурацкое решение, но рабочее:

1. Склеиваем файлы.
Для этого готовим список файлов в txt вида:

file 'D:\video\dvr\20171101_01.mov'
file 'D:\video\dvr\20171101_02.mov'
file 'D:\video\dvr\20171101_03.mov'

файл используется в качестве параметра входного файла:

ffmpeg.exe -f concat -safe 0 -i "D:\video\dvr\files.txt" -c copy
"D:\video\movie.mov"

2. Выщепляем iframes, убираем звук:

ffmpeg -discard nokey -i "D:\video\movie.mov" -an -c copy "D:\video\iframes.mov"

3. Пересобираем без таймлайна:

ffmpeg -i "D:\video\iframes.mov" -r 30 -c copy "D:\video\final.mov"

Собрать опции воедино не получилось, так как в некоторых случаях, опции игнорируются.
Неплохо было сделать всё через пайпы, но не смог.