Zgmnd

Если CentOS, то не исключено, что причина кроется в SELinux. Попробуйте его вообще отключить сначала и посмотреть, не исчезла ли проблема. Если исчезла - дело в нем. Можете его или вообще не включать, или настроить так, чтобы он не мешал.

1) Смарт-карты Вы уже упомянули — потребуется только соответствующий плагин к браузеру, но если ничего другого не останется — нормальное промышленное решение.
2) А вот сканер штрих-кодов прикрутить к вебу существенно проще, т.к. они обычно работают как клавиатура. Сотрудникам наклеиваем штрих-коды на бейджи. Сотрудник подошел к терминалу, просканировал свой бейдж (т.е. по сути сканер вбил его логин!), дальше руками вбил число в интерфейс.
3) Если сотрудников на один компьютер не так чтобы очень много, а, скажем, 5*5=25, то можно в веб-интерфейсе тупо нарисовать кликабельную сетку на весь экран с картинками-аватарками для каждого. Если сетка 5*5, то промахнуться будет довольно сложно. Плюс можно устраивать соревнования, помещая стахановцев в центр сетки, и т.д.