Что исправит в коде, что бы в ответе было не только число, но и текст?

Если захочешь, чтобы после ошибки программа заново начала работу, то напиши вместо

if __name__ == '__main__':
    main()

это

if __name__ == '__main__':
    while True:
        main()

Как использовать messages.markAsRead?

Вообще, пора бы уже перейти на использование VkLongPoll, примеры использования если в документации к vk_api