Похожая ситуация. Решил вопрос так — создал три логических диска программой Acronis Disk Director, проверил скорость, самый скоростной диск используется для работы, а самый медленный для хранения. Пришел к выводу что Defraggler и Rapid это лишние танцы с бубном и насилование жесткого диска. Перемещение файлов внутри локальных дисков дает мизерный результат скорости. Важно понять какие приоритеты в работе у ваших файлов и сделать качественное распределение файлов. Иногда делаю быструю дефрагментацию программой Smart Defrag.
