Здравствуйте. Взгляните на эти 2 пути:
1) D:\home\site\wwwroot\bin\php_phalcon.dll - ваш вариант
2) D:\home\bin\php_phalcon.dll - мой вариант
Судя по скриншоту в статье, на котором показывается расположение *.dll-файла (третье сверху), php_phalcon.dll должен находиться в другой дирректории - дирректории №2.
Это то, что у меня получилось после прочтения представленной вами статьи, а вариант №1 - ваш.
Попробуйте изменить расположения php_phalcon.dll, а также проверьте прописанные пути - думаю, причина кроется в этом, удачи!
