Файл бинарного лога создается на диске. Операции с ним быстрее, т.к. это файл последовательных операций и поэтмоу работа по записи в него куда проще, чем операция с файлами табличных данных на диске. https://itblog.by/articles/57-pravilnoe-izmenenie-...
Exim не умеет сам по себе сохранять почту в БД. Мы решили проблему таким образом - написан скрипт на php, который парсит письмо как нам нужно и складывает его в БД. Exim всю почту передаёт через pipe в данный скрипт.
Т.к. у вас skip-name-resolve, то все имена хостов не резолвятся.
localhost - имя хоста. MySQL не может его отрезолвить для проверки прав доступа пользователя root@localhost.
У всех пользователей следует заменить хостнеймы на ip-адреса, напр:
root@127.0.0.1
Ни в базе, ни при авторизации не использовать хостнеймы.
Я бы смотрел в логи apache и nginx - будет понятнее, откуда подключения, с одного ли адреса, на какую страницу и т.п. Возможно стоит обнаруживать такую активность и блокировать таких нежелательных гостей минут на 15 посредством fail2ban и iptables.
Возможно, положительно скажется на производительности переход от связки nginx+apache на связку nginx+php-fpm. (Личное мнение)