Да, мы делаем точно так же, но используется это следующим образом: на сайте есть виджет в виде javascript, который можно установить к себе на сайт, в коде виджета подгружается js файл, и как раз в этом файле идет подключение ресурсов, например css с использованием версионности (пример, style.css?v=4234).
И у меня такое чувство что хром как раз таки кеширует javascript'овую вставку.
