У вас, если вы про профессиональные тесты, имеется тест - набор действий. В данном случае end-to-end будет означать, что тест начался у конечного пользователя, который инициировал сценарий и закончился у него же, либо, начался у одного пользователя, и закончился у другого (например, в начале - пользователь-абонент ( первый end), сценарий "пополнение счета", в конце - система биллинга, которая засчитывает все изменения на счету (второй end)).

Это просто тест который проверяет что вся система работает в целом?

Необязательно - такой тест называется sanity-тест, или дымовой тест, и для такого теста условие end-to-end необязательно.

Или проверяет работу какого-то сценария работы пользователя (например для блога, вход в аккаунт -> добавление статьи в блоге -> предпросмотр -> публикация -> выход)?

Больше похоже, но, строго говоря, в начале такого теста должна быть проверка, что, например, пользователь запросил страницу авторизации, и например, в конце, сервер посчитал сессию законченной, и в этом случае сервер - второй "end", а первый - пользователь.