У меня под parallels на внешнем харде и винда и Ubuntu. На mac air тормозов не замечал. Возможно, на прошке и будет заметно, но имхо, не значительно. Берите внешний хард USB 3.0 , благо что 1,8" очень компактны.
flash-память в данном варианте использования - крайне не надежный вариант.