Когда на вашем сайте делают заказ, менеджер может оформить Счет (другими словами Счет-фактура) из режима просмотра Заказа. Также, там можно оформить и Доставку (транспортная накладная) и/или Возврат. Когда вы откроете новый заказ и нажмете кнопку Счет, этим вы выставите счет-фактуру и переведете статус заказа в "В ожидании оплаты".
Транзакции - это Заказы, Счета, Доставка, Возвраты.