Вроде как 1 вариант самый норм. В таблице два столбца int64 и 1 строка намного меньше весит чем строка со столбцами int64, json. Настроим индексы и все летать будет.
Docker-контейнер по дефолту запускается в своем пространстве имен.
Docker использует технологию namespaces для организации изолированных рабочих пространств, которые мы называем контейнерами. Когда мы запускаем контейнер, docker создает набор пространств имен для данного контейнера.
Это создает изолированный уровень, каждый аспект контейнера запущен в своем простанстве имен, и не имеет доступ к внешней системе.
Список некоторых пространств имен, которые использует docker:
pid: для изоляции процесса;
net: для управления сетевыми интерфейсами;
ipc: для управления IPC ресурсами. (ICP: InterProccess Communication);
mnt: для управления точками монтирования;
utc: для изолирования ядра и контроля генерации версий(UTC: Unix timesharing system).
Corp_Habra_Clients, Самый быстрый способ - это поднять на серваке nginx+php+mysql и зафигачить веб интерфейс, который будет чекать юзера, выполнять команду или запускать прогу на сервере и отдавать челу результат. Либо как ниже сказали заюзать докер (но это сложно незнающему).
То что вы предлагаете - костыли, через который сторонний софт и работает. На данный момент ни в 1 ОС НЕТ "системного способа" дать юзеру использовать только 1 определенную программу.
Самый надежный способ это веб-морда для проги, откуда будут вызываться скрипты для выполнения каких-либо действий.
Для старта посмотри и изучи mvc фреймворк Yii2, он простой и для новичка сгодится. Поковыряйся в исходниках фреймворка, посмотри как все устроено, пробежись дебаггером по основным методам. Обязательно изучи документацию.
Если нужен посложнее фреймворк, то посмотри в сторону Laravel.