Эти желтые плашки не являются основным способом создания PR. Это просто эвристические подсказки, они могут появиться, а могут и нет. Ведь не всегда после пуша требуется создать PR. И не факт, что GitHub угадает, в какую ветку на самом деле надо делать слияние.
Те способы что вы указали, они и являются правильными, и не вижу в них ничего неудобного. Есть и другие способы создания PR, например через команду gh pr create, это тоже корректно.
