Если дело происходит на линукс и все файлы в одной папке, можно сделать так:
$path = 'dirname/*'; // все файлы из dirname
$result = shell_exec('wc -l ' . $path);
в $result получим строку вида
10 filename1.txt
17 filename2.txt
27 total
Остается только распарсить эту строку удобным вам способом.
Другой способ: count(file($filename))
Сперва вам надо получить все пути до файлов.
Часто это удобно сделать при помощи
php.net/manual/ru/function.glob.php
Перебираем массив путей и выполняем на каждом
count(file($filename)) сохраняя результат в массив, попутно суммируя в отдельную переменную.