YakovLitvin

Сталкивался со схожими симптомами, помогло

document.cookie = name + '=; expires=Thu, 01 Jan 1970 00:00:01 GMT;';
document.cookie = name + '=; path=/; expires=Thu, 01 Jan 1970 00:00:01 GMT;';

надо следить за "scope"ом куки – правда, я пока не понял, как его посмотреть (история в деталях – тут).
Ну да, по ходу, это две аналогичные проблемы, одна для доменов, другая – для путей.

Есть плагин непосредственно для работы с Git: https://github.com/alansbraga/NPPGit
Полностью git он не заменит (и плохо, что нет опции "открыть консоль в репозитории" для прочих команд), но для простых операций может быть полезен.
Сам ещё не тестил, но надеюсь, что с ним всё ок, собираюсь попозже попробовать.