В упор не вижу ни слова про SSD - есть диск с двумя разделами и сильное желание выстрелить себе в ногу. Правильный вариант уже написан - система и программы ставятся на один раздел, данные на другом, для надежности - резервное копирование и принцип 3-2-1.
Если все же есть желание выстрелить себе в ногу - то при установке очень большого количества программ можно указать путь установки - указывайте, что считаете нужным - установщик сам всё сделает правильно. Правда, в последнее время всё большее количество программ устанавливаются в профиль пользователя, а его переносить с системного раздела крайне нежелательно, можно, конечно, при помощи симлинков вынести что угодно куда угодно, но зачем городить огород из ненужного?