Разобрался как это делается. Для этого придуманы патчи в студии.
1. Находясь в своей ветке тыкнул в списке веток по мастеру и "show diff with working tree".
2. Видя дифф мастера и своей ветки по очереди отменил те файлы которые надо перенести и закоммитил (можно без отправки на сервер).
3. Тыкнул по новому коммиту и сделал его revert (обратный от него коммит).
4. Тыкнул по прошлому коммиту и сделал reset до него с сохранением изменений в файлах (soft).
5. Создал патч из локальных изменений (Git/Patch/Create patch from local changes). Это просто один файл в который скидываются все правки и его удобно переносить.
6. По желанию отменяю еще коммит, который отменил мой рефакторинг.
7. Перехожу в мастер, создаю новую ветку и применяю патч.
8. Создаю Pull Request из новой ветки, жду ревью рефакторинга, вливаю в мастер.
9. Вливаю мастер в свою первую ветку и наслаждаюсь тем что правок там стало намного меньше.
