Рабочий стол? Копирование через буфер обмена? В линуксе?
Однако.
1. Какая файловая система?
2. как именно была смонтированна флешка и какая файловая система на ней?
3. Почему файлы лежали на рабочем столе? Тьфу, неважно, что за файлы, симлинки, хардлинки?
И зачем было форматировать флешку в винде? Но это так, просто вопрос.