Разобрался, может кому поможет, передается этот параметр через
uploadExtraData$("#input-ru-1").fileinput({
language: "ru",
uploadUrl: "index.php?r=site/upload&id=1",
allowedFileExtensions: ["jpg"],
uploadExtraData: {_csrf: '<?=Yii::$app->request->getCsrfToken()?>'}
});