Решение —
git diff --name-status commit1 commit2 | awk '{ if ($1 != «D») print $2 }' | xargs git archive -o output.zip HEAD

где commit1 commit2, указывается между какими комитами нужны изменения, либо указать хешкод одного комита начиная с которого и до HEAD будут в архиве измененные фаилы.
git diff --name-status — выдает список фаилов которые были изменнены, а git archive — загоняет это дело в архив. Что делает awk '{ if ($1 != «D») print $2 }' — я так и не понял.

Спасибо Chaitanya Gupta из stackoverflow.com, за практический мгновенный ответ.