XRay39

У меня такая же проблема. Нашел скорее walkaround, чем решение: останавливаем отладку на первой строке->ставим курсор на линию ниже breakpoint->жмем jump to cursor. В итоге netBeans останавливается на breakpoint'e.
То же самое если курсор ставить на линию breakpoint'a

Мне кажется первое выглядит опрятнее, но минусы такого решения: настройка Apache для name-based hosting, нужен доступ к DNS, долгое обновление DNS зоны site.com.

Второе легче реализуемо (нет временных затрат на обновление DNS). Ссылки можно делать относительные (как в PHP — не знаю).