Когда вы создавали виртуальную машину, вы создавали еще и виртуальный жесткий диск. Т.е. скажем так, создался просто файл большого размера, который является по фактом жестким диском.
Всё, что вы делаете в виртуальной машине, распространяется только на этот файл. Так что боятся не нужно.