Имхо, для подобного рода бэкапов оптимальным вариантом является rsnapshot.
+:
* простая настройка
* есть полные бэкапы на каждый момент снятия бэкапа
* все вместе полные бэкапы занимают не так уж и много места (при условии, что большинство файлов не меняется), достигается за счёт использования хард линков
* минимальное требование к ПО (rsync + ssh + футентификация по ключам)
-:
* если будет косяк с правами (например выставят read-only директорию), то бэкап зафэйлится. решается использование утилит отличных от rm (например rmtree, которые данной проблемой не страдает, прописывается в конфиге)
