Сергей

i3wm или openbox, пилить под себя придется

с ISPManager ставится phpmyadmin, можно через него, но надежнее через консоль.
В ISPManager создать базу, потом в консоли:

mysql -u username -p database_name < ./db_backup.sql

к апачу прикруть mod_ruid2 в VirtualHost пишешь директиву RUidGid username usergroup и не будет проблем с правами. Либо mpm-itk, но он глючный.

Увеличить таймауты не пробовал?
nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_proxy_module.html#...
nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_proxy_module.html#...
nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_proxy_module.html#...

Логи nginx смотрите сразу после ошибки.

Где все это дело запускаете? Браузер что говорит?
ping 172.31.18.24
Если ip пингуется, то после запуска, во второй консоли:
iptables -L --line-numbers --verbose
netstat -apn | grep 8000

sudo systemctl disable lightdm

yum groupinstall "Development Tools"
Покажите еще вывод df, dmesg

Работаю в этой сфере, в саппорте. Универсального ответа нет. Все случаи индивидуальны. Самый простой вариант - поставить себе виртуальную машину, в ней развернуть CentOS 6, т.к. она используется в большенстве случаев. Накатить на нее VestaCP или тестовый ipsmanager на 15 дней и эксперементировать. Читать много литературы про unix. Научиться работать с консоль.

Может разрешение, частота кадров не оптимальные? Видеокарта какая?

Само ни чего не происходит, если не настроено.
last -n 10
tail -n 100 /var/log/apt/history.log
Смотри еще что лежит в /etc/nginx, возможно есть старый файл nginx.conf

man route
man iptables
В sysctl.conf добавить:
net.ipv4.ip_forward = 1
sysctl -p

На какую директорию Вы сделали chmod и chown? Если от рута запустить?
sudo su && ./specrum

Памяти более чем достаточно. Гуглите про управление памятью в linux.
После запуска сделать netstat -apn | grep 3333
Посмотреть правила iptables: iptables -L --verbose
С локальный машины nmap -Pn -p 3333 smilerado.com

mysql -u root -p
CREATE DATABASE new_database;
show databases;
mysql -u root -p new_database < ./db_backup.sql

Микротик(192.168.1.254):
/ip route> add dst-address=192.168.2.0/24 gateway=192.168.2.254
Шлюз(192.168.2.254):
/ip route> add dst-address=192.168.1.0/24 gateway=192.168.1.254

Должно работать.