Собственно, решил проблему сам. На помощь приходит DBGp прокси. Качаем Python Remote Debugging Client. Причём, куда именно вы будете ставить прокси, зависит от вашего сервера. Если это виртуалка, которая стучится на вашу систему через NAT, то ставить прокси на неё не очень разумно. Затруднительно будет настроить отладку для нескольких IDE. Все входящие соединения будут приходить с ip 127.0.0.1, что не позволит прокси верно определять, на какой IDE перенаправлять обратные запросы. В таком случае качаем версию для Windows и разворачиваем на нём. Для реальных серверов прекрасно подойдёт линуксовая версия.
Ну и конфигурацию желательно поправить:
xdebug.remote_autostart=0