Никакой разницы нет, вы можете использовать, что угодно, например
1. набор своих гридов
3. выбирать под каждый проект нужную порцию бутстрапа
4. susy
5. grid960
Возможна ли верстать практически pixelperfect ? Например использовать 24 колонки
Bootstrap никак не мешает pixel-perfect'у, правда целесообразность его при этом снижается