Серверную лицензию надо устанавливать на сервере, там где у вас запущен сервер 1С предприятия. Какую лицензию вы устанавливаете как серверную, понять очень просто, на ней написано, и она дороже клиентской. Клиентские лицензии бывают многопользовательские и однопользовательские:
1. Многопользовательские устанавливаются на сервере, и сервер будет их раздавать на каждое подключение.
2. Однопользовательские устанавливаются на клиентских компьютерах, и тогда лицензия будет действовать на любое количество сеансов, но только запущенных на этом компьютере. (поставить на сервер однопользовательскую лицензию и пользоваться толпой через терминальный доступ не выйдет, 1С об этом позаботилась)
Вообще, для полной ясности в этом вопросе, ознакомьтесь с главой 10 "Защита от несанкционированного использования: особенности и настройка", руководства по администрированию, атуальная версия всегда доступна на сайте ИТС.