Как исправить ошибку повторной регистрации пакета?

Первый вариант тоже не представляется возможным. 1-й репозиторий собирается в режиме библиотеки https://cli.vuejs.org/ru/guide/build-targets.html#...
2-й в режиме multipages.
Проблему решил, путем установки предыдущей версии inputmask ("inputmask": "^4.0.8",)
была версия "inputmask": "^5.0.3".
Пока не выяснил как избавится от ошибки в версии пакета 5.0.3.

Насколько безопасен iframe с одного домена?

Отключать можно, что сейчас и сделано. Но на этих страницах нужно анализировать поведение пользователя, а без счетчика это никак не сделать. И еще момент что с фрейма, если он с того же домена можно менять элементы родительского окна через window.parent.document.