Rsa97, недосмотр нашего бывшего администратора, похоже. Он порекомендовал делать бэкапы средствами хостера. Но про важность делать параллельно дамп базы данных не упомянул.
Сначала закончилось место на VPS (причина тоже непонятна) потом вывалился сайт в Mysql connect error [127.0.0.1]: (2002) Connection refused (400). Место освободили, не помогло. Восстановили из бэкапа образ сайта, тоже не помогло.