А зачем читать несколько сообщений подряд? Webhook URL вызывается каждый раз, как вам приходит сообщение.
ini_set('error_reporting', E_ALL);
ini_set('display_errors', 1);
ini_set('display_startup_errors', 1);
$mess = 'https://api.telegram.org/bot***BOT_TOKEN***/getUpdates';
$com = file_get_contents($mess);
$com1 = json_decode($com);
$mess = end($com1->result)->message;
if (is_numeric($mess->chat->id) {
$send = 'https://api.telegram.org/bot***BOT_TOKEN***/sendMessage?'
.'chat_id=' . $mess->chat->id
.'reply_to_message_id=' . $mess->id
.'&text=' . $mess->text;
file_get_contents($send);
}