Если это не hidden service, а публичный сайт, то можно парсить посещения с access.log веб-сервера и сопоставлять со списком tor exit нод на предмет вхождения, поскольку весь список tor exit нод общедоступен.
Это позволит получить статистику посещений с тора, включая тех, у кого выключен JS.
Если этого недостаточно и эту статистику принципиально важно держать в Google Analytics, то у неё есть Measurement Protocol, позволяющий отправлять факты посещений с бэкенда по HTTP:
https://developers.google.com/analytics/devguides/...
Можно написать механизм, который будет парсить серверные логи, сопоставлять с tor exit-нодами и отправлять эти данные в GA.