VoidVolker

Верно, надо отключить физически все диски, кроме целевого и уже на него устанавливать линукс. Подробная пошаговая инструкция вот тут: Не будет ли конфликтов между виндой и линуксом, если линукс поставить второй системой?
Обратите внимание на самый первый пункт - надо отключить быструю загрузку в винде сначала. Конфликтовать не будут, но эксцессы возможны - поэтому настоятельно рекомендуется делать регулярный бэкап образа обоих дисков. Однозначно проблемы с загрузчиком возможны, когда две разные ОС делят один загрузчик - уже были случаи поломки загрузчика при обновлении ОС как со стороны линуска, так и со стороны винды. Из наиболее стабильных дистрибутивов могу порекомендовать Debian + лёгкий рабочий стол xfce.

Опционально:

1. С помощью rufus записать любую Live ОС на флешку (линукс или сервисную сборку с виндой)
   
2. Загрузиться с флешки
   
3. Сделать бэкап важных и нужных файлов, если остались и есть необходимость (или заниматься их восстановлением с использованием соответствующего ПО - оно легко гуглится или тут в поиске можно найти ответы)
   

Очистить диски и установить винду:

1. Скачать GParted Live и записать на флешку с помощью rufus
   
2. Загрузиться с флешки
   
3. Полностью очистить все диски от всех разделов (или как минимум те, где есть что-то кроме простых разделов)
   
4. Оставить пустое пространство на основном диске под ОС
   
5. Отформатировать остальные диски под NTFS со стандартными настройками - если требуется
   
6. Перезагрузиться в БИОС
   
7. Выбрать основной диск загрузочным и сохранить настройки
   
8. Записать на флешку образ винды
   
9. Установить винду, выбрав пустое пространство на основном диске
   

Дополнительно:

1. Скачать и установить VirtualBox
   
2. Создать в нём виртуальную машину
   
3. Установить туда линукс и использовать его под ваши задачи
   

На будущее, тут есть поиск и вопрос нескольких ОС поднимается тут регулярно: Не будет ли конфликтов между виндой и линуксом, если линукс поставить второй системой?