единственное, что я запомнил на всю жизнь, так это то, что никогда нельзя брать диски от Intel. они ведут себя слишком странно. вроде, диск неплохой, ТХ хорошие, но при этом работает отвратительно. если диск, то лучше Kingston или Samsung.
Ещё есть нехилая вероятность, что проблема в кристале процессора. у Intel 2 года назад было загрязнение на производстве кристаллов, с которым они не могут разобраться до сих пор. деградирующий чип, который не может корректно отрабатывать внутренние инструкции = система, которая ведёт себя абсолютно непредсказуемо.
касательно софтин, я бы предложил потестить сначала всё оборудование через аиду, потом делать выводы.
Также попробовать поставить линуксы и посмотреть, как система будет себя вести.
Ещё из причин наиболее очевидных — это скорость интернета на портах самого сервера, коммутаторе, розетках да и в общем на СКС.
Проверить, сколько ОЗУ у рейд контроллера, возможно её не хватает на такое количество дисков (необходимо, как я вижу хотя бы 4 гб для плавной работы) просмотреть какой из вариантов raid массивов используется и есть ли в этом необходимость.
посмотреть банально, что уходит в перегрзуз при стандартной работе, максимальной нагрузке на сервер и простое.
Ну и лучший совет, за который в меня захотят плюнуть — вернуть харды и поставить SSD форм-фактора 2.5. Любая винда любой редакции новее 7-ки не может нормально работать с хардами и постоянно уводит их в перегрузку.
касательно софтовых проблем, что RDP программы могут жрать столько оперативки — тоже верно, но лишь отчасти. зависит от конкретной редакции программы, у многих висит ограничение на количество занимаемой памяти, после которого они начинают кушать файл подкачки.
Кстати про файл подкачки, нужно проверить ещё и его, и убедиться, что его объём составляет МИНИМУМ в 1,7 раз больше, чем количество физической ОЗУ.
Ну и моё любимое: не покупать серверные базы на интеле, когда AMD выпускает дешёвые кластерные процессоры с огромным количеством ядер и нормальной частотой без косяков на производстве:)