Можно использовать такую php конструкцию

if (!session_id()) {
	ini_set('session.use_cookies', 'On');
	ini_set('session.use_trans_sid', 'Off');
	ini_set('session.cookie_domain', '.example.com');
	session_set_cookie_params(0, '/', '.example.com');
	session_start();
}

Попробуй это:
Решение проблем при установке программ

Мне обычно помогает :)

Приходилось парсить файлы с огромным количеством e-mail'ов, при похожих условиях. Я использовал аякс как прокладку. С одной php забирал данные на клиент, и потом партиями отправлял в другую, где вставлял все это в базу.

Могу отправить Вам на почту этот скрипт, правда он довольно топорный, делался в спешке. Для его использования лучше разбить файл на несколько частей и запустить парсинг в несколько окон, чтоб быстрее было. Если что допилите, как Вам нужно.