Игорь, нет, не обязательно.
но, если вместо классов моделей и связей с ними загружать обычный массив, то будет пошустрее работать и не будет жрать память.
Но, имхо конечно, лучше бы владельцем php кода был не www-data, а другой пользователь, чтобы ни через какие уязвимости скриптов нельзя было модифицировать код проекта.
<?php phpinfo();
И все - всё равно 502?