Ответ , судя по всему заключается в том что иногда , в новый день, первая ошибка выбивается с крона который был запущен от рута или с супервизера на котором были воркеры, который в свою очередь тоже был запущен от рута, а не от www-data.
В SQL двойных кавычек?) То есть вы хотите сказать что разработчики Yii2 не правильно SQL используют ?:) Это же фреймворк генерирует эти SQL запросы. Я показал что я через дебагер получил.
Хорошо, спасибо за совет.
Ответ:
На следующий день перезагрузил компьютер и О ЧУДО, метод updateAll начал апдейтить все строки.