Vindicar

> message.from_user.id != [905259209, -1001486872541]:
Выучи основы питона сначала, а? Потом уже возьмёшься за ботописание.

Проверка вхождения значения в коллекцию выполняется оператором in. Для проверки не-вхождения есть оператор not in.
message.from_user.id not in [905259209, -1001486872541]:

Заведи приватный телеграм канал, куда имеют доступ только менеджеры, пусть бот постит туда.

Либо можно сделать простой сайт только для внутреннего пользования, на том же Flask или DJango, и связать с ботом через общую БД.

Ну очевидно, бот должен запоминать, какие пользователи ввели команду, и если сообщение не от одного из них - то игнорировать это сообщение и ждать снова.

С другой стороны, подумай - может, можно вообще уйти от этой системы со 100500 сообщений, и обойтись параметрами команды?

Причем тут вообще input()? Эта функция занимается только вводом из консоли.
То же самое с print(), это исключительно консольный вывод.

Простейший способ, если бот имеет только это назначение и никакого другого - не париться с командами, а просто на каждое входящее сообщение отвечать шифрованным. Это будет модификация простого эхо-бота, которого ты взял за основу. Тебе же передаётся параметр message в обработчике, разбирайся с ним.

Иначе нужно будет разобрать входящее сообщение (оторвать от начала команду), и шифровать его.

Если вы не знаете, как искать наличие подстроки в строке (либо через оператор in, либо через метод index()), или как пользоваться регулярными выражениями, то вам рано браться за ботов. Начните с упражнений попроще, потом вернётесь к теме.

Вот кроме шуток. Это основы стандартной библиотеки языка. Прежде чем бросаться что-то разрабатывать - их надо знать, хотя бы на уровне возможностей, т.е. "я не помню, как называется метод для перевода строки в нижний регистр, но я точно знаю, что он есть, пойду поищу".

Включить голову. Твой код, по сути, делает ровно то, что ты от него просишь:
1. Если сообщение в личку, то в зависимости от слова, скинуть ту или иную фотку. Если не одно слово не подошло, то ничего не делать.
2. Если сообщение не в личку, ответить, что на групповые сообщения не отвечает.

Т.е. он всегда будет реагировать на не-личные сообщения по else. Не нравится? Убери этот else вместе со всем содержимым.
Ну и да, основные алгоритмические конструкции.

Да, как ни странно, пока выполняется одна часть кода - другая не выполняется. Исключения из этого правила три:
1. Многопоточность. Каждый поток выполнения может выполнять код независимо от другого. ОС сама заставит их чередоваться, от кода почти ничего не требуется делать. Можно просто взять существующий однопоточный код, и выполнить его в другом потоке. Но проблема в том, что тогда два потока могут помешать друг другу при попытке обратиться к одним и тем же данным ("состояние гонки"). Избежать этого не совсем тривиально.
2. Многопроцессность. Почти то же самое, что и многопоточность. Имеет кое-какие плюшки, но куда сложнее в использовании.
3. Асинхронность. В этом случае одна часть кода может приостановить своё выполнение, "уступив место" другой ненадолго. Так как выполнение строго поочерёдное, то состояния гонки не будет. Но с другой стороны, обе части кода должны уметь кооперироваться друг с другом с самого начала. Это потребует полной переработки кода, так как нельзя просто "взять и прикрутить" асинхронность к существующему коду. С другой стороны, боты часто пишутся с использованием асинхронного кода, так что может потребоваться только переработать твой "рабочий" скрипт.

В общем, выбор между хреном и редькой. Не зная, как реализован бот, и что делает рабочий скрипт, подсказать что-то сложно.

Да, можно, если речь идет о Excel (а не exel).
Зависит от формата файла. Новый .xlsx читается довольно легко, есть библиотеки для этого,но можно и средствами стандартной библиотеки Python - это просто zip-архив с пачкой xml-файлов внутри. Выковырять данные будет не очень трудно.

А вот старый .xls - это бинарный, плохо документированный формат. С ним будут проблемы.

Перенеси try-except внутрь цикла for, чтобы внутри try-except был только вызов bot.send_message(), и все дела.
И зачем ты еще раз коннектишься к базе данных внутри except, у тебя ведь уже есть подключение?

Если тебе нужно реализовать сценарий, в рамках которого пользователь отправляет несколько сообщений, разбирайся с register_next_step_handler()

1. Как именно не работает? Приводи минимальный проблемный пример кода и полный текст ошибки (+ traceback).
2, 3. Зависит от используемой библиотеки для общения с телеграммом. Не зная, какую ты используешь, подсказать трудно - но наверняка можно нагуглить документацию и/или примеры использования.

> if message.text == 'Технология(Мальчики)':
Имел ввиду elif? У тебя вообще довольно много elif пропущено.

Вообще я бы посоветовал использовать словарь.

#код неполный! вставишь эти фрагменты в свой самостоятельно
#все задания описаны тут
tasks = {
  'Математика': 'Параграф 4 учить РТ 3',
  #ну и так далее.
}
#делаем кнопки
buttons = [types.KeyboardButton(name) for name in tasks] #по кнопке на каждое задание
markup = types.ReplyKeyboardMarkup(resize_keyboard=True)
markup.add(*buttons) #добавить все элементы списка buttons, как если бы мы написали их по одному

#Проверка полученной кнопки
if message.chat.type == 'private':
    task = tasks.get(message.text, None) #ищем текст, соответствующий кнопке
    if task is None: #не нашли
        bot.send_message(message.chat.id, 'Пожалуйста, нажми на кнопки')
    else:
        bot.send_message(message.chat.id, task)

И никакой лестницы if-elif

message.from_user.id in cursor.execute('SELECT user_id FROM users')
На кой нужно делать выборку всех пользователей, чтобы потом питоном искать в ней данные? Используй ключевое слово WHERE, и используй prepared statement для подстановки значения из переменной, а не форматирование строк.

f'UPDATE users SET user_id = {message.from_user.id} WHERE user_id = {message.from_user.id}'
"Если id = 1, то сделай id равным 1". На кой?!
И да, не используй форматирование строк для формирования строки запроса. Используй prepared statements.

Например так:

ids = cursor.execute('SELECT user_id FROM users WHERE user_id = ?', (message.from_user.id,))

> не понимаю в чем проблема
В недостатке знаний по основам SQL, и в попытке писать ботов, не разобравшись в основах.