Отвечаю сама
В ajax версии сайта прописываем, как обычно. Тег canonical не пишем.
<meta name="fragment" content="!"/>
В статической версии тег canonical пишем (адрес основной версии - динамической).
При этом индексируется все ок. НО: если у вас настроен мониторинг важных страниц в Вебмастере, Яндекс будет каждые несколько дней присылать уведомление о том, что заголовок страницы изменился на пустой, а через несколько дней снова на нормальный.
Поддержка Яндекса написала, что все ок, возможно, какой-то баг у них, обещали проверить.
"Если с заголовками и описаниями в поиске и в коде страниц всё в порядке, беспокоиться не нужно."