Алексей, Да наздоровье, проект с сабдирами с подпроектами решает, просто чтобы ими пользоваться, вам нужно будет их собрать. И дать понять креатору/дизайнеру где их искать (как правило их просто копируют в директорию с плагинами, но насколько помню есть и другие пути, типа переменных окружения)
Подумай может в этот промежуток времени у тебя что-то еще серьезное включается? Ну я не знаю, холодильник, утюг, водонагреватель, перфоратор там… Может включается что-то у соседей? Отсюда скачки могут быть.